Е.М. Примаков и А.А. Кокошин в салоне ТАРКР «Петр Великий» на Северном флоте. 2001 г. Справа от Е.М. Примакова – командующий Северным флотом ВМФ России адмирал В.А. Попов.
В тот период Евгений Максимович возглавлял в Госдуме фракцию «Отечество – вся Россия». У Кокошина и Примакова было много общих позиций по крупнейшим проблемам внешней политики России и международных отношений. – В том числе по противодействию расширению НАТО, по приоритетному развитию отношений России с Индией и Китаем, по обеспечению стратегических интересов РФ на постсоветском пространстве. Взгляды Кокошина и Примакова совпадали по основным вопросам и экономической политики нашей страны, в том числе по вопросам национальной промышленной политики.
Первые годы в Госдуме Кокошин был заместителем председателя Комитета Госдумы по промышленности, который возглавлял Ю.Д. Маслюков, входивший в качестве вице-премьера в состав Правительства Е.М. Примакова в 1998-1999 гг.
Примаков и Кокошин выступали за активную промышленную политику России, которая позволила бы радикально увеличить роль обрабатывающей промышленности в экономике, снизив тем самым зависимость от добычи и экспорта углеводородного сырья. Подходы и предложения Кокошина и возглавляемой им группы ученых и специалистов нашли свое отражение в книге «Промышленная политика и национальная безопасность», опубликованной в 2001 г.
Программу действий, предложенной группой Кокошина, по национальной промышленной политике были разработаны на основе изучения успешного опыта целого ряда зарубежных государств, добившихся крупных успехов в этой сфере, и понимания особенностей отечественной экономики, ее сильных и слабых сторон. Реализация разработок, конкретных предложений группы Кокошина позволила бы иметь значительно иную структуру российской экономики, которая не была бы столь уязвима к положению дел с мировыми ценами на нефть.