Перед руководством Минобороны, в том числе перед первым заместителем министра обороны А.А. Кокошиным, В 1990-е годы стояла во весь рост проблема определения будущего морской составляющей стратегических ядерных сил России.
Некоторые должностные лица предлагали прежде всего осуществить глубокую модернизацию самых больших в мире двухкорпусных стратегических подлодок проекта 941 «Акула», отодвигая в будущее закладку нового ракетоносца проекта 255 «Борей». Кокошин, опираясь на мнения я адмиралов В.В. Гришанова и М.К. Барскова, предложил все-таки осуществить закладку головной лодки проекта «Борей» «Юрий Долгорукий», предпринимая все усилия, чтобы сохранить в составе российских МСЯС «стратегов» проекта 667 БДРМ (с БРПЛ «Синева»). В этих планах Кокошина поддержал начальник Генштаба ВС РФ генерал армии М.П. Колесников. Лодка «Юрий Долгорукий» была заложена на «Севмашпредприятии» в Северодвинске в 1996 г. в присутствии Кокошина и главкома ВМФ России адмирала флота Ф.Н. Громова.
Стратегический подводный ракетоносец ФМФ России «Юрий Долгорукий»
(проект 955 «Борей») на фоне стратегического подводного ракетоносца предыдущего поколения «Дмитрий Донской» (проекта 941)
Лодки проекта «Борей» обладают повышенной неуязвимостью, скрытностью, имеют высокие характеристики обитаемости.
В настоящее время в строю российского ВМФ три лодки проекта «Борей», оснащаемых баллистическими твердотопливными ракетами «Булава». Сохранены в боевом составе и лодки проекта 667 БДРМ. Время показало правильность, прозорливость таких решений по морской составляющей СЯС России, которые были приняты в тяжелейшие 1990-е годы.
По вопросам будущего МСЯС Кокошин активно консультировался с такими крупнейшими учеными-корабелами, как академик РАН И.Д. Спасский, академик РАН В.М. Пашин и академик РАРАН В.Т. Дегтярь, с выдающимся конструктором подводных лодок академиком РАН С.Н. Ковалевым, с генеральным директором «Севмашпредприятия» Героем России Д.Г. Пашаевым. Кокошин при этом многократно посещал КБ «Рубин» в Санкт-Петербурге, ЦНИИ имени Крылова, «Севмашпредприятие» и смежников этого головного предприятия, от которых во многом зависела судьба лодок проекта «Борей».
Летом 1998 г. были приняты решения готовившиеся под руководством А.А. Кокошина (по результатам работы специальной комиссии под руководством вице-президента РАН академика Н.П. Лавёрова) Совета безопасности РФ по ядерной политике России, в которых закреплялась трехкомпонентная структура российских СЯС, включая их морскую, подводную составляющую. Эти решения были нацелены на долгосрочную перспективу – перспективу нескольких десятилетий. Они основывались на реалистическом анализе и прогнозе отношений между ведущими странами мира, на трезвой оценке роли военного фактора в мировой политике, на понимании условий обеспечения реального суверенитета России. Учитывались при этом и реальные экономические возможности России, потребности РФ в развитии других компонентов военной мощи.
В подготовке решений Совбеза РФ по ядерной политике большую роль сыграли заместители секретаря СБ РФ генерал-полковники В.Я. Потапов и А.М. Московский, ответственные работники аппарата СБ РФ К.В. Масюк, С.Д. Тихонов, В.А. Веселов.
Эти решения Совбеза во многом сохраняют свою значимость и сегодня.
