Кокошин был назначен государственным военным инспектором – секретарем Совета обороны в августе 1997 года. При назначении его на этот пост «Коммерсантъ» писал, что «Кокошина причислить к какой-либо кремлевской или правительственной группировке нельзя». В интервью журналу «Профиль» Кокошин тогда сказал: «Я вообще не считаю себя политиком, ни теневым, ни публичным… Можно сказать, что не обижаюсь, когда меня называют технократом».
При назначении Кокошина на пост государственного военного инспектора – секретаря Совета обороны журнал «Профиль» писал: «Сегодня, спустя пять лет после прихода в здание на Арбатской площади, Андрей Кокошин остается одной из самых неординарных фигур в исполнительной власти России. Радиоинженер по образованию, член-корреспондент Российской академии наук, избранный по отделению мировой экономики и международных отношений, действительный член Российской академии естественных наук, доктор исторических наук, профессор. С его именем связан ряд достижений в российских оборонных технологиях». «По-разному говорят о причинах его долголетия в одной из самых неспокойных силовых ведомств. Но что он профессионал высочайшего класса, не подвергает сомнению никто». «О своем предшественнике на посту секретаря Совета обороны Юрии Батурине отозвался так: «Я очень высоко ценю его знания и опыт. Думаю, мы и дальше будем работать вместе над решением тех задач, которые поставил президент».
«Независимая газета» при назначении Кокошина на этот пост писала: «Таких – «некарьеристов» – в военной сфере уважают за скромность и каждодневную «тяжеловозность», а потому Андрея Кокошина уже давно и надолго военные признали «своим». И далее: «Новые обширные полномочия» Кокошина «свидетельствуют о том, что его минобороновский опыт должен в ближайшее время решительно распространиться на все силовые структуры.
В качестве государственного военного инспектора – секретаря Совета обороны Кокошин совершил в январе 1998 г. визит в Китай по приглашению Центрального военного совета КНР, возглавляемого Председателем КНР, Генсеком КПК Цзян Цзэминем. В «НГ» отмечалось, что еще «в 1992 г. Кокошин был фактически первым высокопоставленным представителем Российской Федерации, посетившим с официальным визитом Китай». Корреспондент «НГ» Максим Дмитриев писал: «Уже тогда вырисовывалась объективная необходимость становления в новых условиях партнерских отношений между Россией и Китаем в военно-политической сфере. Нельзя не вспомнить о том, что в тот момент российская дипломатия в лице Андрея Козырева ориентировалась прежде всего на США». Далее Дмитриев писал: «Вскоре состоялся аналогичный вояж Кокошина в Индию. Результаты этих и последующих контактов по военной линии оказались весьма результативными». Видимо, именно тогда зародилась идея формирования своего рода «великого азиатского треугольника» Россия–КНР–Индия». Тот же автор из «НГ» писал по итогам упомянутого визита Кокошина в КНР, что «состоялась содержательная беседа с премьером Госсовета КНР Ли Пэном, с заместителя председателя Центрального военного совета КНР Чжан Ваньнянем, Чи Хаотянем, с главой всего оборонно-промышленного комплекса генералом Цао Ганчуанем». М.Дмитриев также писал: «Специалисты… особо отмечают встречи с министром государственной безопасности КНР Цзя Чуньванем и министром общественной безопасности КНР Тао Сыцзюем, которые очень редко встречаются с иностранцами».
В марте 1998 года Кокошин был назначен секретарем Совета безопасности РФ. Издание "Коммерсант-Власть" отмечало, что Кокошин стал "фактически единственным секретарем Совбеза, который действительно занимался безопасностью как таковой", то есть занимался разработкой планов координации работы силовых ведомств, оптимизации их ресурсов.
«Независимая газета» писала: «…Совет безопасности возглавил не осторожный и исполнительный бюрократ, а политик и профессионал, отвечающий потребностям времени и способный обеспечить широкое политическое согласие в вопросах национальной безопасности».
При назначении Кокошина на пост секретаря Совета безопасности РФ газета «Аргументы и факты» писала: «Согласно недавнему опросу он пользуется наилучшей репутацией в Кремле, среди военных и штатских генералов». Далее в «АиФ» отмечалось: «Выпускник Московского высшего технического училища им. Н.Э.Баумана Андрей Афанасьевич Кокошин – технократ с огромной волей и работоспособностью».
Журнал «Эксперт» писал: «Назначение Андрея Кокошина секретарем Совета безопасности позволяет надеяться на то, что политическое руководство России начинает воспринимать обеспечение национальной безопасности России как интегральную задачу».
Первую свою зарубежную поездку в качестве секретаря Совета безопасности РФ Кокошин совершил в начале апреля 1998 г. в Таджикистан, где в это время была очень сложная политическая обстановка и где, как писал «Коммерсантъ», «в экстремальных условиях работают сразу несколько российских силовых ведомств – Минобороны, ФПС, ФСБ, СВР». «Коммерсантъ» писал, что «поездка Кокошина стала свидетельством того, что он становится главным куратором российский «силовиков». Причем последние безоговорочно признали это».
Кокошин руководил подготовкой решений Совета безопасности РФ по вопросам ядерной политики России (которая предусматривала развитие трехкомпонентной структуры стратегических ядерных сил РФ и развитие ядерного оружейного комплекса России). Он был главным автором документа «Основы (концепция) государственной политики по военному строительству до 2005 г.» (утвержденного Президентом РФ в июле 1998 г.). Ю.Голотюк в «Русском телеграфе» писал о заседании Совбеза под председательством Ельцина 25 мая 1998 г.: «Совершенно очевидно, что в принципиально новой роли выступает отныне и сам Совбез РФ, и без того получивший с назначением на должность его секретаря Андрея Кокошина целый рад дополнительных полномочий. Вчерашнее заседание продемонстрировало то, что СБ теперь планируется использовать и как достаточно эффективный государственный орган кризисного реагирования. Главным образом в тех ситуациях, когда полномочий исполнительной власти оказывается явно недостаточно и для поддержания стабильности в стране необходимо их усиление «силовыми мощностями», находящимися в прямом ведении президента (при этом, как заявил вчера «Русскому Телеграфу» сам г-н Кокошин, каждое «кризисное решение» должно вписываться в имеющиеся долгосрочные программы). В конце минувшей недели ситуация в России, балансировавшая на грани открытых столкновений с шахтерами и новой войны на Кавказе, являла собой просто-таки идеальную модель для отработки подобных кризисных решений. Как заявил вчера Сергей Ястржембский, «обострение обстановки создало угрозу политической стабильности в стране и даже национальной безопасности». По свидетельству тех, кто непосредственно участвовал в подготовке вчерашнего заседания Совбеза (решение о его проведении г-н Ельцин принял в пятницу), хотя «работа была совершенно бешеная», она подтвердила то, что нынешнее российское руководство в состоянии предпринимать достаточно осмысленные шаги в кризисных ситуациях».
Далее в «Русском телеграфе» отмечалось: «По нашим сведениям, Москва считает, что ей наконец-то удалось добиться четкости в координации действий силовых ведомств в зоне очередного противостояния в Дагестане (очевидцы подтверждают, что на это на вчерашнем заседании Совбеза указывал и сам Борис Ельцин). Информаторы «Русского Телеграфа» настаивают на том, что впервые за последние годы приказы «силовикам», задействованным в локализации конфликта в Дагестане, ясно и недвусмысленно определяют их «зоны ответственности», принципы подчинения друг другу в этой конкретной ситуации, взаимоотношения федеральных и региональных структур. Пока что Кремль явно предпочитает переговоры силовому разрешению конфликтной ситуации, при этом, впрочем, дополнительно усилив и без того достаточно мощную воинскую группировку на Северном Кавказе. Как пояснил «Русскому Телеграфу» после вчерашнего заседания СБ РФ его секретарь Андрей Кокошин, «войска на Кавказе, конечно же, останутся, а в случае необходимости даже будут и дальше усиливаться».
Совбез при Кокошине активно занимался и рядом экономических вопросов, особенно вопросами научно-промышленной политики. «Просочившаяся за плотно забытые двери Совбеза официальная информация оказалась крайне скудной, однако высокопоставленный кремлевский источник «Русского Телеграфа» пояснил, что российский президент дал «добро» на серьезную коррекцию экономического курса страны «при сохранении ориентации на рыночные реформы». Судя по всему, новому российскому кабинету предоставлен практически неограниченный – по жесткости проводимой линии, но не по времени – карт-бланш для стабилизации ситуации в стране. Хотя при этом о собственно президентском видении таковых реформаций известно пока немногое. Уклончивые ответы присутствовавших на заседании СБ свидетельствуют лишь о том, что г-н Ельцин нацелил руководство страны «на проведение реформ с упором на научно-промышленную политику». Дав при этом понять, что если бы правительство озаботилось этим раньше, то «может быть, и никаких шахтеров сейчас бы не было» (естественно, имея в виду массовые акции протеста в угледобывающей отрасли)».
«Итоги» 2 июля 1998 г. писал о Совете безопасности и его секретаре в лице Кокошина: «Этот орган превращается в настоящий кризисный штаб, который в критических ситуациях будет координировать действия всех властных и силовых структур. Предшественникам Кокошина такой штаб создать не удалось прежде всего потому, что всесильные силовики не воспринимали Совбез всерьез, предпочитая напрямую общаться с Президентом». Далее в «Итогах» отмечалось: «Команда же Андрея Кокошина смогла наладить координацию действий силовых ведомств. Что и продемонстрировали события последних недель, когда власти пришлось искать выход из двух жестоких кризисов: блокирование шахтерами железных дорог и захват здания Госсовета в Дагестане. Все принципиальные решения по урегулированию кризисов были оперативно подготовлены только что сформированным аппаратом Совета безопасности и приняты на заседании СБ».
«Итоги» далее писали: «По информации, полученной от источников в Кремле, как только поступили сообщения об обострении ситуации в Махачкале, Кокошин немедленно собрал у себя руководителей силовых структур. В ходе многочасовых заседаний удалось разграничить зоны ответственности каждого и выработать схемы эффективного взаимодействия. Руководство всеми силовыми структурами в зоне кризиса возложено на МВД, оно же будет поводить необходимые мероприятия по стабилизации положения в регионе.
В «Итогах» также отмечалось: «Обеспечить единоначалие и разграничить зоны ответственности – задача только на первый взгляд несложная. Достаточно вспомнить Чечню. Решения по координации действий федеральных сил разного подчинения в этой республики формулировались столь расплывчато, что ведомства всегда могли переложить ответственно на соседа».
Гольц отмечал: «Президент признал первые шаги Андрея Кокошина в роли начальника «кризисного штаба» вполне удачными, однако сам он отнюдь не намерен ограничивать свою деятельность только этими рамками. Решения, принимаемые в форс-мажорных обстоятельствах, полагает он, как этого ни трудно добиться, должны отвечать некоей долгосрочной стратегии. Иными словами, Кокошин намерен превратить Совет безопасности в орган, который будет координировать всю аналитическую работу по прогнозированию возможных кризисов».
В газете «Век» отмечалось, что в результате подготовленного Кокошиным заседания Совета безопасности возник «новый механизм взаимодействия силовых ведомств в условиях кризисных ситуаций». Далее в этой газете говорилось: «Идея эта прорабатывалась давно в несколько заходов, но каждый раз ее реализации что-то мешало. Постоянно возникали трения, а подчас и острые подковерные конфликты между МВД и Минобороны, между Минобороны и ФСБ, где-то особняков держались пограничники». В «Веке» также отмечалось: «Сегодня и министр внутренних дел Сергей Степашин, и министр обороны Игорь Сергеев считают, что эта ситуация изменена. С ними солидарен и директор ФПС Николай Бордюжа. Силовики» уверены, что серия совещаний у секретаря Совета Безопасности Андрея Кокошина позволила снять многие противоречия, создать межведомственные регламентирующие документы, устранившие несуразицы во взаимодействии силовых ведомств».
Говорилось также о том, что координирующая роль в результате решений Совета безопасности закреплена за МВД РФ. «Не без сопротивления удалось определить координирующую роль МВД в механизме взаимодействия силовых ведомств на Северном Кавказе. Этому в немалой мере способствует личность министра Степашина, который, как считают, может действовать, не ущемляя при этом самолюбия других «силовиков».
В этой статье в газете «Век» также отмечалось: «Совет безопасности считает необходимым скорейшее решение острых социально-экономических проблем региона, и прежде всего Дагестана, без чего деятельность «силовиков» как повисает в воздухе. Такой комплексный подход, отмечают эксперты, отчетливо проявился на экстренном совещании по поручению президента у секретаря СБ Андрея Кокошина, где собрались не только «силовики», но и руководители сугубо гражданских ведомств».
«Коммерсантъ» писал: «Возглавляемый Кокошиным Совет безопасности превратился за последнее время в хорошо организованную структуру, способную решать различные задачи – от экономических до политических. При этом у секретаря СБ сложились достаточно конструктивные отношения с Думой и представителями финансово-промышленной элиты».
Как отмечается в официальной публикации центра ракетостроения ГРЦ «КБ им. академика В.П.Макеева», в должности секретаря Совета безопасности РФ Кокошин сыграл важную роль в том, чтобы был осуществлен заводской ремонт подводных ракетоносцев проекта 667 БДРМ и эти ракетоносцы были бы оснащены ракетами «Синева». «Это обеспечило наличие в боевом составе флота четырех лодок пр. 667 БДРМ с 256 боезарядами (или в два раза больше) минимум до 2025 г.»… Там же говорилось, что это была «гражданская и технически обоснованная позиция», которую совместно проявили Кокошин и глава Роскосмоса Ю.Н.Коптев.
В сентябре 1998 года Кокошин покинул пост секретаря Совбеза. Отмечалось, что это было связано с противодействием Кокошина, а также заместителей руководителя Администрации президента Евгения Савостьянова, Михаила Комиссара, Сергея Ястржембского и Руслана Орехова планам Березовского и Ельцина по разгону Госдумы и КПРФ в случае отказа Госдумы третий раз утвердить В.С.Черномырдина на посту председателя Правительства РФ.
Как отмечалось в «Комсомольской правде», «Примаков неоднократно говорил, что он был категорически против отставки Кокошина, на которой настаивал, как говорят, Черномырдин. Но протест Примакова был проигнорирован. Ему не удалось переломить своих оппонентов, несмотря на то, что Примакова и Кокошина давно связывали хорошие отношения. Они были союзниками по многим вопросам еще тогда, когда Кокошин был первым заместителем министра обороны, а Примаков – директором СВР».
Накануне увольнения Кокошина, как отмечали «Итоги», в кокошинском «отсеке» на 4-м этаже в Кремле шла бурная работа по текущим вопросам экономики и политики страны; в приемной находились многочисленные посетители. «Все это сильно отличалось от густой атмосферы страха и психоза, царившей в других управлениях администрации, где чиновники, ожидавшие решения «хозяина» о кандидатуре премьера, вяло обменивались последними новостями». «Картина эта прямо подтверждала слухи, уже несколько дней циркулировавшие по Москве: нашлись люди, готовые подобрать валявшуюся на земле власть. Эта власть быстро перемещалась из полупарализованного правительства в Совет безопасности. Утверждалось, в частности, что секретарь Совбеза проводит практически ежедневные встречи с руководителями силовых ведомств.
«Более того, рассказывали, что кокошинский аппарат спешно готовит некую антикризисную программу».
«В интервью корреспонденту «Итогов», как теперь оказалось – последнем, данном Кокошиным в качестве секретаря Совета безопасности, Андрей Афанасьевич, разумеется, отмел все подозрения в узурпации власти. «Нас к этому подтолкнула ситуация, – убеждал он. – По понятным причинам в последние дни Виктор Черномырдин не может слишком много времени уделять решению практических хозяйственных вопросов. Да и сам аппарат правительства действует в этой ситуации не слишком эффективно. А есть вопросы, решение которых не терпит отлагательства. Главное сейчас – не допустить вакуума власти. То, что Совету безопасности следует взять на себя роль координатора, стало ясно, когда пошли звонки министров. Аппарат Совета безопасности готовит необходимые документы, которые мы направляем президенту и правительству. Таким образом, мы просто временно замкнули на себя решение отдельных практических вопросов. Никакой подмены правительства не происходит».
«Итоги» также писали: «Главное, считал секретарь Совбеза, было в условиях кризиса обеспечить стабильность силовых структур, которые, по его словам, не имели «иммунитета» к той нервозности, которая как зараза распространялась по властным структурам».
В «Итогах» далее отмечалось: «А иммунитет, как известно, укрепляется от правильного и своевременного питания. Армия, и без того перебивавшаяся с хлеба на квас, оказалась и вовсе в критическом положении. Вот силовики при координирующей роли Совбеза и занялись вещами, к высокой кремлевской политике вроде бы отношения не имевшими. А именно тыловым обеспечением. Было решено, например, создать группу представителей из Минобороны, МВД, ФПС, ФАПСИ и других силовых структур, которая, объединив ресурсы ведомств, занялась бы обеспечением продуктами и горюче-смазочными материалами войск, дислоцированных в горячих точках и на Крайнем Севере». «Попытались снабдить продовольствием и офицеров, которые «пайковые деньги» не получали уже года полтора, а зарплату – три месяца. Решено было вернуться к практике выдачи продуктов натурой: консервами, крупами, маслом. В ситуации, когда из магазинов все это мгновенно сметается, офицеры не могли не порадоваться такой заботе».
«Только накормив силовиков, можно было рассчитывать на них в случае возникновения тех самых «спонтанных беспорядков», в предупреждении которых Кокошин видел, как сказал он корреспонденту «Итогов», свою главную задачу. С этой же целью была составлена и направлена в правительство программа первоочередных антикризисных мер. Написать ее в короткий срок удалось исключительно потому, что еще в июне эксперты Совбеза занялись анализом разных, в том числе и кризисных, сценариев развития экономической и политической ситуации в России» – писали «Итоги».
Ястржембский был уволен через несколько дней после Кокошина. Чуть позднее были уволены Комиссар и Савостьянов.
Многие СМИ выразили тогда мнение о том, что после ухода Кокошина Совбез стал превращаться в "рутинный орган по подготовке документов для кремлевских чиновников", "третьестепенную, чисто аппаратную структуру".
В определенный момент, как отмечали «Коммерсантъ», «Московский комсомолец», «Комсомольская правда», Кокошин рассматривался наряду с Е.М.Примаковым как один из кандидатов на пост премьера. При этом «Коммерсантъ» писал: «Ельцин, слабо понимая, что нынешняя ситуация с Думой коренным образом отличается от ситуации с Верховным Советом в 1993 году, в очередной раз решил попытаться воплотить свою заветную мечту – распустить Думу, а потому настаивал, чтобы Черномырдин был представлен депутатам и в третий раз». В ближайшем окружении Ельцина увидели, что «Ельцин готов чуть ли не к танкам». В «Коммерсанте» говорилось, что кандидатура Кокошина «еще меньше устраивала» Березовского и другое ельцинское окружение, чем кандидатура Примакова – «прежде всего своей независимостью».
