В конце 90-х годов основал компанию "Балтийский воздушный флот". Сначала она работала в сфере пассажирских перевозок, однако довольно скоро стала осуществлять и доставки грузов. Полёты выполнялись главным образом в северные города. В то время практически вся инфраструктура там принадлежала "Газпрому" — так установились прочные партнёрские отношения с холдингом. В это же время предприниматели стали сотрудничать с латиноамериканскими коллегами: с Кубы и из Венесуэлы они доставляли фрукты и ягоды, а назад везли технику, отечественные автомобили, запасные части к ним. Этот бизнес приносил хороший доход.
В начале 2000-х годов занялся девелопментом. Анатолий Козерук занимал должность гендиректора БВТ с 2001 по 2003 год.
В 2003 году бизнесмена пригласили в компанию "Газпром инвест Юг" — он занял пост советника гендиректора по инвестиционным вопросам. 10-летний опыт работы в холдинге Анатолий Николаевич оценивает как полезный и позитивный: бизнесмен научился управлять огромным коллективом и жить в режиме многозадачности. Довелось Козеруку принять участие и в строительстве крупных объектов — заводов и газовых магистралей.
В 2013 году Анатолий Николаевич вошёл в Совет директоров MR Group. Главной его обязанностью был поиск перспективных инвестиционных проектов. Однако теперь бизнесмен специализируется не только на коммерческой, но и на жилой недвижимости. Инвестирование осуществляется за счёт собственных финансов бизнесмена, а также средств партнёров и банков. В управлении Анатолия Козерука находится и собственная недвижимость общей площадью больше 250 000 кв. м.
